После закрытия средней школы для девочек Уранохоши третьекурсницы - Дайя Куросава, Канан Мацуура и Мари Охара — только что закончили учебу, оставив в Aqours только первокурсниц и второкурсниц второго курса. В поисках нового места, которое оставшиеся участники могли бы использовать для практики, они решают посетить новую школу, в которую вскоре поступят. Однако, к их удивлению, здание кажется заброшенным! Оказывается, из-за опасений школьного совета по поводу того, что недавно переведенные ученики Уранохоши могут обременить клубы, вместо этого их отправили в школу-филиал. Это ставит перед Aqours новую цель — доказать, что студенты Uranohoshi также серьезно относятся к своим клубам. Тем временем возникает еще одна проблема: третьекурсники неожиданно пропали без вести во время своей выпускной поездки!

Любите жить! Солнечный свет!! Фильм "Школьный идол: Над радугой" вращается вокруг оставшихся членов Aqours, которые отправляются на поиски своих пропавших старшеклассников и, в то же время, пытаются найти способ изменить мнение новой школы.